La filtration est, à de rares exceptions près, incontournable dans le maintien correct de l'aquarium, et doit tourner 24h/24 (surtout pour les débutants), afin de permettre le brassage de l'eau (et donc favoriser les échanges gazeux) et le maintien des bactéries utiles.
Elle a pour première vocation d'éliminer les particules en suspension dans l'eau (déjection, débris de plantes, surplus d'alimentation etc...). C'est ce que l'on appelle la filtration mécanique, assurée par des masses filtrantes du type mousse, perlon/ouate, nouilles de céramique.Ces masses filtrantes doivent être nettoyées régulièrement, voire changées complètement lorsque la saleté est trop incrustée. Dans le cas d'un aquarium filtré exclusivement mécaniquement, elles sont nettoyées dans un récipient contenant de l'eau de l'aquarium et il est bon de prévoir au moment du nettoyage des bactéries vivantes à réensemencer pour éviter leur diminution trop brutale (qui entraînerait un pic de nitrite et donc un danger potentiellement mortel pour les poissons). Lorsque l'on utilise ce type de filtre, il faut également surveiller le moindre signe d'asphyxie des poissons
(possibilité de nitrites dans l'eau) car l'équilibre est alors très instable. La filtration exclusivement mécanique est donc à déconseiller, pour les débutants. 
En effet, nous avons vu dans l'article consacré au cycle de l'azote que ces bactéries utiles colonisent différents supports, tel que les masses filtrantes ou le sable du sol. Pour favoriser leur multiplication et leur maintien, on utilise dans le filtre des masses filtrantes biologiques. Celles-ci se présentent sous des formes diverses plus ou moins évoluées (pierres poreuses, nouilles de céramique, bioballes etc...) et donc plus ou moins chères ( 
). Ce qu'il faut retenir principalement, c'est qu'elles colonisent tous les supports, particulièrement poreux. L'idée est donc de conserver le matériau intact et propre de façons à le « laver » le moins souvent possible. Ces masses filtrantes se placent donc après la filtration mécanique, qui doit retenir le maximum de déchets (exception faite des filtres semi-humides dont nous reparlerons, où le matériau de filtration biologique se situe en premier). Lorsqu'il devient nécessaire de les nettoyer, un léger « secouage » pour ôter le gros des déchets suffit, toujours dans un récipient d'eau du bac.
Le moins cher de ces matériaux de filtration biologique neutre est la pouzzolane, que l'on peut trouver dans les magasins de bricolage au rayon « fosses sceptiques », où elle a d'ailleurs le même usage de support bactérien (
nous verrons plus loin qu'il est également possible d'utiliser de la litière pour chat 100% naturelle). Viennent après les matériaux de filtration non neutres ou chimiques , c'est-à-dire qu'ils ont une action sur l'eau. Pami eux, on compte le charbon, la tourbe, ou encore les résines, qui ont des fonctions différentes, sont à usage ponctuel et peuvent s'annihiler entre elles : ¤ le charbon, le plus connu, est souvent conseillé à tout va par les vendeurs aquariophiles. Il est utilisé pour capter les tanins (eau rouge/jaune) libérés par les racines disposées en décoration par exemple, mais aussi pour absorber l'ammoniaque, l'hydrogène, le méthane, les acides humiques, le CO2... sans oublier les résidus de traitements médicamenteux.
Il apparaît évident que l'utiliser en même temps que de la tourbe (acide humique) et du CO2 pour les plantes est une hérésie...
sans oublier qu'il est dangereux de filtrer constamment sur le même charbon et que sa durée de vie est différente selon les qualités et le contenu de l'eau (de 15 jours à trois mois). ¤ la tourbe est utilisée pour acidifier l'eau et contribue à faire diminuer le pH et colore l'eau de la même façon que les racines de mangroves. Idéal pour les poissons d'eau dite « noire »...
¤ les résines anti-nitrates/ anti-phosphates, par définition, sont sensées aider à diminuer des taux trop élevés. Leur efficacité ne semble pas faire l'unanimité cependant...
- on peut aussi compter parmi les matériaux non inertes l'argile (litière pour chat de type sépiolite), qui permet également d'éclaircir l'eau. En outre, son action est bénéfique pour les plantes qui apprécient beaucoup... et à la différence du charbon, elle ne semble pas se saturer, donc moins dangereuse (nous parlons évidemment des argiles premiers prix, 100% naturelles et sans additif de parfum ou autre).
à suivre : quels filtres pour quels aquariums
© AQUA débutant de elobulle
